没有劳动合同也没有劳务合同，跟公司只签了协

确实需要扣税。根据《中华人民共和国个人所得税法》的相关规定，工资、薪金以及劳务报酬等收入都需要纳入综合所得，并据此计算应纳税所得额，随后按照规定的税率进行扣税。如果没有按规定合并扣税，可能会面临税务违规的风险，包括罚款或其他法律后果。
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处理工资和劳务报酬的扣税问题，通常的做法是将它们合并到综合所得中一起进行扣税。这样做可以确保符合税法规定，并降低可能的税务风险。同时，根据个人实际情况和税务优惠政策，可以做出更合理的决策。
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公司扣发工资中的税款是合法的。具体操作上，公司会根据国家规定先扣除五险一金，然后计算个人所得税。如果个人工资超过5000元，就需要缴纳个人所得税；如果工资低于此数额，则享受免税政策。个人可以选择由公司代扣代缴或者自行申报纳税，但一定要遵守税收法规，以免出现税务和法律问题。